《每日星報》報導，事發於周日（12日），此班航機凌晨從位於希臘的伊拉克里歐（Heraklion）起飛，依據計劃飛往蘇格蘭首府愛丁堡。
航程中一直都沒有問題，直到班機大約在凌晨1點20分即將抵達目的地前，機長身體突然出現異狀直奔廁所，改由副機師控制。
但機長進入廁所後，一直都沒有出來，讓現場人員十分擔心，決定透過應答機發送代號「Squawk 700」的警報，要求加快著陸的速度。
當時班機內的情況，據乘客說，「有人看到機長進了廁所，沒有出來」，有乘客說「來了5輛消防車和2輛救護車在跑道上」，對於迫降原因，其他乘客說「看起來很年輕的副機長透過廣播宣布，因機長身體不適所以採取了緊急措施」，副機長還補充說，他們已當值了13個小時。
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隨後易捷航空發言人向《每日星報》證實，EZY6938班機確實因為機長身體不適的原因緊急降落，由副機師控制並按照標準操作程序順利降落，作為預防措施，醫護團隊在班機抵達時待命，但並未提及機長在班機降落前是否一直待在廁所內。